遺伝子汚染
遺伝子組み換え生物と在来生物との間で交配が起こり、組み換えられた遺伝子が在来の生物のゲノム中に入り込んでしまうこと。
組み換え作物を隔離して育てたとしても、花粉が風や昆虫によって運ばれて交配（他家受粉・たかじゅふん）が起こってしまい自然環境を破壊する。
遺伝子組み換え
生物の遺伝情報に分子レベルで人為的に組み込むこと。組み込む遺伝子は、酵素を用いて生物のDNAから切り取ってくる場合がある。
遺伝子と位置効果
遺伝子組み換え操作では、外来の遺伝子はDNAの鎖にランダムに挿入される。挿入された位置により、遺伝子の発現の有無や発言量は異なり、これを「位置効果」と呼ぶ。 （遺伝子組み換え）
遺伝子の水平移動
遺伝子がある種から別の種へと伝わっていくこと。バクテリア同士は、別種であっても遺伝子の一部をやりとりすることができる。例えば抗生物質耐性がこの方法で広がっていくこともある。また、バクテリア同士ではなくても、ウイルスなどを介して生物間で水平移動が起こることもあると考えられる。
遺伝子の沈黙
組み換えによって外来遺伝子や在来遺伝子が活動をやめてしまうこと。例えば、外来遺伝子が在来遺伝子の中央に挿入されると、その遺伝子はもはや正常にタンパク質を作り出すことはできなくなり、場合によってはまったく活動しなくなる。組み換えによってどの遺伝子が沈黙し、それがどういう結果を引き起こすかは、ほとんど予測不可能である。
遺伝子破損
組み換えによって在来遺伝子の情報が損なわれてしまうこと。
遺伝子を組み込むのに、高圧ガスで遺伝子細胞に打ち込む方法がよく用いられるが、この操作によって細胞中のDNAが破損される可能性は否定できず、組み込んだ遺伝子自身が破損することも考えられる。望んだのと全く違う別の結果が現れてくる可能性も高い。
遺伝子発現への環境による影響
生物の性質は遺伝子だけにより決まるのではなく、様々な環境要因の影響を抜きにして考えることは出来ない。遺伝子が発現するかどうか、あるいはどの程度発現するかは環境条件により左右されることがあり、組み換え作物の場合でも、組み込んだ遺伝子の発現が環境により変化した例が報告されている。
インジカルコミン
インジゴカルミン(Indigo carmine)は、やや紫がかった青色に着色することのできる着色料。インジゴイド系の食用タール色素に分類される合成着色料である。インジゴカーミンとも呼ばれる。
インスリン様成長因子
肝臓など種々の部位で生産されるタンパク質で、細胞分裂を引き起こすなどの作用を示し、体の成長を促進する。
構造的にインスリンに類似しており、弱いインスリン作用を示す。IGF-1、IGF－2に大別できる。牛にrbGHを投与すると、牛体内及び牛乳中のインスリン様成長因子の濃度が増加するという報告がある。